Pinkertonova pozicija v Čikagu je bila idealna za boj proti novim oblikam kriminalcev. Njegovo delovno področje ni bilo vezano niti na okrožje niti na državne meje. S svojimi »operativci« kot jih je imenoval sam in sistematičnimi metodami prepričevanja, je Pinkertonova agencija lahko delovala na področju, ki so jih do tedaj imele v rokah »nestrenirane« lokalne avtoritete, s čimer je ustvaril povezavo med obmejnimi in nacionalnimi organi. FBI v tistem času še ni obstajal, prav tako je bila v nastajanju tajna služba (nastala leta 1865 – njeno ustanovitev pa je podpisal Abraham Lincoln prav na dan 14. aprila - na dan predvidenega atentata nanj). Pinkerton je ustvaril svoja pravila ter način delovanja.

Ustvaril je svoj kodeks delovanja, identifikacijsko značko, teorijo in način delovanja.

Od prvega dne, ko je bil v poslu, si je Pinkerton prizadeval, da bi ga ločili od ostalih policijskih organov oz. »mož postave«. Grenke spoznanja iz prvih let delovanja na detektivskem področju, so mu prinesla dragocene izkušnje in zavedanje o realnostih in razsežnostih korupcije (tudi in predvsem na državni ravni). S trdim delom in vztrajnostjo je uspel, da je njegova agencija pridobila sloves poštenosti in korektnosti, kar je tudi kodificairal kot politiko poslovanja agencije. Tako so v zgodnjih letih agencije nastala t.i. »splošna načela«, za katera je upal, da bodo služila kot etične smernice njegovih zaposlenih. 

"Splošna načela" (General Principles) so se glasila takole: Agencija ne bo zastopala obdolženca v kazenskem postopku, razen v primeru soglasja tožilca. Agencija ne bo ovirala porotnikov pri njihovem delali niti ne bo preiskovala javnih uslužbencev pri opravljanju njihovih dolžnosti. Agencija ne bo sprejemala zaposlitev, ki bi izhajale iz političnih prepričanj. Agencija ne bo raportirala sestankov unije , razen če so srečanja odprta za javnost in brez omejitev. Agencija ne bo sprejemala naročil s strani »vice crusaders« . Agencija se zavezuje, da nihče od zaposlenih ne bo sprejemal dodatnih honorarjev, nagrad in podkupnin. Agencija ne bo preiskala morale žensk, razen če je v zvezi z drugim kriminalom. Agencija ne bo obravnavala zadev, ki se tičejo razvez ali zadev škandalozne narave.

Allan Pinkerton je nedvoumno poudarjal tudi moralne in intelektualne karakteristike detektiva. Opisal jih je takole: 

Detektivsko delo je častno. Malo poklicev izžareva takšno častno pozicijo kot prav detektivsko delo, če se ga seveda opravlja častno ter v skladu z moralnimi in etičnimi načeli. Detektiv je zagovornik pravice in zato mora tudi on sam biti pravičen (delovati pravično), njegovo delovanje pa ne sme škoditi nobeni od strank.

Kriminalci in goljufi so vedno korak pred pravico. Imajo močno voljo udejaniti stvari na tak način kot so si zamislili. Ko bi le za poštenje vložili toliko energije kot za nečedne dejavnosti...  Detektivi, ki zbirajo dokaze o kriminalcih, njihovi (kriminalni) aktivnosti in v postopkih na sodišču tudi pričajo proti njim, morajo imeti neomajno voljo ter iskreno, pošteno in celovito razumevanje dogajanja, močno voljo, zanemariti pa ne gre niti pomena fizične kondicije ...

Kriminalci morajo razkriti svoje nečedne posle in detektiv mora v tem primeru imeti ustrezne izkušnje in dovolj znanja, da lahko presodi, kdaj je kriminalec v svojem najbolj nemočnem momentu in ga mora nato s svojo empatijo in samozavestjo »prepričati«, da mu slednji izda svojo »skrivnost«.